食物過敏與食物不耐症的症狀產生原因不同。 患有食物不耐症的人是因為其體內缺乏某種消化脢，因此無法適當順利的分解食物，因而引發生理上的排斥，例如乳糖不耐症會引發喝牛奶拉肚子的現象。 食物過敏的問題出在於當食物被攝取時，其未消化的食物進入血液，因而引發過敏反應；當人體對於所攝取食物產生抗體反應時，過敏症狀就發生了。

會引起過敏的食物因人而異，不過大體上說來，蛋白質含量高的食物比較容易誘發過敏，例如牛奶、蝦、蟹、貝類及某些魚類。 另外，部份植物或加工食品也會產生同樣反應，例如茄子、花生、堅果、芒果、黃豆、乳酪、醃漬食物、味精、食用色素、處理肉類的嫩精，或食物處理過程中產生的雜質都有可能發生作用。

高蛋白質食物之所以容易誘發過敏，是因為食物中的蛋白質會與患者體內受特殊蛋白質覆蓋的細胞產生複雜反應，這種反應會促使細胞釋放出過量抗體以至影響身體，最後導致過敏症狀的出現。

除了因為攝取食物產生生理上的排斥過敏外，有些人的過敏反應卻是來自心理反射，例如對生有二隻腳肉類食物過敏的人，只要誤食雞、鴨、鵪鶉或乳鴿而被點破時，立刻會引發噁心、嘔吐，甚至嘴唇紅腫；有些人則是對感覺骯髒的食物過敏，例如田雞肉、蝸牛肉、蛇肉，或任何其他看起來醜陋的東西。

還有一種食物過敏的過敏原與上述原因都無關，但卻同樣會引發患者反應，那就是食物中夾雜了塵蟎的屍體或猫狗的皮屑。